承接上一季，盖亚、麦克斯和伊泽贝尔三人在洞穴里发现了和麦克斯长得一模一样的琼斯，并得知麦克斯是琼斯的克隆体。麦克斯的心脏在不断衰竭，他已时日无多。琼斯表现出想要拯救麦克斯的意愿，但盖林和伊泽贝尔并不相信他，认为他背后还有不可告人的计划。丽兹从洛杉矶回到罗斯威尔与麦克斯见面，她想要和他冰释前嫌，但被拒绝。麦克斯为了能够康复，而去见了琼斯，导致其逃出牢笼。身为独裁者的琼斯想要找到一个能够断开自己与麦克斯联系的方程式，因为他们之中的任何一人死亡都会导致二人一起死亡，他并不想让麦克斯成为自己的软肋。他用意识控制了玛丽亚，以获取关于方程式的记忆。在众人的努力下，玛丽亚被救醒，方程式也被摧毁。接着，琼斯绑架了希恩和丽兹，胁迫其为他破解方程式，进而研究出分离药剂。众人展开营救，与琼斯进行了激烈的搏斗，并将其杀死。经历了这场与星际恶霸的斗争之后，大家格外珍惜来之不易的幸福生活。