第二次新吉翁战争（夏亚的叛乱）终结后已经过了12年，现在是U.C.0105—。即便经历了被视为展现人类和宇宙世纪未来的“阿克西斯撞击”，世界仍然是混乱的状态，不时地发生着军事冲突。地球联邦政府也愈加腐败，高层不仅让地球污染加速，还实行了非人道的“猎人”政策，强制把民间人带去宇宙。在地球圈这种腐败中出现了一位人物，叫马夫蒂·纳比尤·艾林，他统率着反地球联邦政府组织“马夫蒂”。他们不断暗杀地球联邦政府高官，干着残忍的恐怖行为，但也从强烈反感联邦政府的民众中获得了一定的支持。而自称“马夫蒂”本人，即组织的指挥者哈萨维·诺亚，正是曾经参加了一年战争的地球联邦军士官布莱德·诺亚的儿子，他也参加了阻止夏亚的叛乱。哈萨维·诺亚深切理解阿姆罗‧雷、夏亚·阿兹纳布尔的理念及理想，作为继承了两人意志的战士，策划了开拓武力反抗的道路。但是，在遇到联邦军大佐凯奈斯·斯雷格和谜之美少女琪琪·安达露西亚之后，他的命运也发生了翻天覆地的变化。